Weibliche Ninja bezeichnet man grundsätzlich als Kunoichi. In der Fiktion beherrschen sie die gleichen Kampfkünste wie die männlichen Ninja. So sind auch Momiji und Ayane aus Ninja Gaiden Sigma 2 für Titelheld Ryu starke Verbündete im Krieg gegen die Dämonen. Historischen Kunoichi wurden allerdings bevorzugt „weiblichere“ Techniken beigebracht: Sie agierten meist aus dem Verborgenen heraus, infiltrierten feindliche Lager als Dienerinnen und Verführerinnen und verwandelten harmlose Alltagsgegenstände wie Haarnadeln mit Gift in tödliche Waffen.
