Während die Shinsengumi dem Tokugawa-Shogunat treu ergeben waren, standen die Ishin Shishi (auch kurz: Shishi, dt. etwa: „Die willenstarken Männer“) auf der Seite des Kaisers. Die Samurai und Ronin, die beispielsweise aus den Fürstentümern Satsuma und Choshu kamen, empfanden die Zwangsöffnung Japans als Affront und forderten als Anhänger der Sonno Joi-Bewegung (dt. etwa: „Verehrt den Kaiser, vertreibt die Barbaren“) die Rückgabe der Macht an den Kaiser. Um ihrer Forderung Ausdruck zu verleihen, verübten sie diverse Attentate auf japanische und ausländische Schlüsselfiguren. Auch in HDotFB: Wild Dance of Kyoto stehen sich die Shinsengumi und die Ishin Shishi gegenüber.
