Während der japanischen Sengoku-Ära waren zwei Ninja-Clans am gefürchtetsten: Die Iga und die Koga („Koga“ und „Koka“ sind verschiedene Umschriften der gleichen Schriftzeichen). Die beiden gleichnamigen Ninja-Siedlungen liegen zwar in verschiedenen Präfekturen Japans, interessanterweise aber in zwei Tälern desselben Gebirges und werden nur von einem Berg voneinander getrennt. 1581 schlossen sich die beiden Clans gegen Shogun Oda Nobunaga zusammen, wurden durch die rund zehnfache Übermacht der Truppen aber trotzdem besiegt. Der Iga-Clan gilt seitdem offiziell als ausgelöscht, während einige Koga-Mitglieder im Untergrund überlebten. Protagonist Ben begibt sich in Ninja! – Hinter den Schatten auf die Spur der berühmten Kämpfer.
